Основным направлением работы музея является контроль за сохранностью памятников Отрарского региона. 202 историко-культурных памятника по 13 сельским округам Отрарского района, взятых на учет в музее. Из них 3 памятника республиканского значения, 73 памятника местного значения. 126 памятников занесены в списки предварительного учета. На 63 памятника получен государственный акт, охранная зона составит 11,546 га. По направлению захоронения памятников проведена работа в тесном контакте с местными исполнительными органами, землевладельцами и собственниками. Проведена разъяснительная работа по памятникам и их сохранности.